永乐十一年，明朝十三陵的第一陵明长陵建造完成。都知道大明有十六帝，那为何只有十三陵呢？因为明太祖朱元璋葬于南京的孝陵，建文帝朱允文下落不明，没有陵墓。大明第七位皇帝朱祁钰死后，英宗朱启镇将他修建的陵墓捣毁，然后将格将他以王爷的身份葬在了北京西郊的玉泉山。所以大明十六帝中，朱元璋和朱祁钰葬在别处，朱允炆没有陵墓。而其余十三位皇帝全都葬在了天寿山。天寿山区域的这十三座陵墓就被称为明朝十三陵。
明朝十三陵依此是，成祖朱棣的长陵、仁宗朱高炽的献陵、宣宗朱瞻基的景陵、英宗朱祁镇的裕陵、宪宗朱见深的茂陵，孝宗朱佑樘的泰陵，武宗朱厚照的康陵，世宗朱厚摁的永陵，穆宗朱载坖的昭陵，神宗朱翊均的定陵，光宗朱长洛的庆陵，熹宗朱由孝的德陵和毅宗朱由检的思陵。
朱棣修建长陵的时候，大明都城还在南京，太祖的孝陵也在南京。那么他为什么要跑到北京去给自己修建陵墓呢？原因其实很简单，因为虽然知道永乐十九年朱棣才正式将都城从南京迁到北京，但是他从登基开始，迁都的想法和决心就已经十分坚定了，所以他才会决定在北京修建陵墓。
永乐五年，朱棣的皇后徐氏病逝不久，朱棣就命礼部尚书赵弘带领江西的风水术士廖君卿等人前往北京寻找吉壤，用以修建陵墓，赵弘和廖君卿等人用了足足两年的时间，将北京以及周边地域细细的勘察了一遍，最终选出了四处吉壤，让朱棣定夺。第一处吉壤在口外的屠家营。然而，朱棣认为，大明皇帝姓朱，朱和猪统一，朱家进屠家岂不是注定要被宰杀吗？这个地名太不吉利，显然不能使用。第二处吉壤在昌平西南的羊山脚下，一开始朱棣觉得这个位置还不错，然而当他得知羊山后面有个村庄名叫狼尔峪以后，就把这处吉壤也给否决了，因为如果猪的旁边有狼，也是很危险的。第三处吉壤在京西的燕家台，可是燕家与晏驾谐音，地名也不吉利，于是也不能用。第四处吉壤在京西的潭柘寺，尽管这里没有什么触犯忌讳的地方，但潭柘寺地盘太过狭窄，最终也没有被选中。
永乐七年，朱棣亲自前往北京勘查以后，对黄土山这个地方十分满意。黄土山属于燕山余脉，是一处天然形似宫殿的山区，东西北三面群峰环抱，中间形成了一片小盆地，南面却开敞无阻，直通北平平原。黄土山东西有两座小山相对，西边的叫莽山，东边叫虎峪山，如同一龙一虎，拱卫左右。朱棣召来廖君卿，让他仔细勘察了黄土山的风水。廖俊卿最终得出结论，黄土山是一处天门山拱镇垣地、户水流谢球的绝佳风水宝地。朱棣大喜之下，当即决定就在此地建造陵墓。
陵区虽然选定，不过朱棣却仍然觉得有不如意的地方，那就是黄土山这个名字实在太土，于是群臣与术士们纷纷献名，但却没有一个名字让朱棣感觉十分满意。当年五月初二，是朱棣四十九岁的生日，群臣前来祝寿，齐呼万岁。朱棣在群臣的一片祝祷声中突然灵光一现，想出天寿两个字来，于是开口对群臣们说道，黄土山应名为天寿山。
永乐七年六月二十日，长陵在天寿山破土动工，到了永乐十一年二月，长陵终于建造完成，朱棣立刻将一直停留在南京的徐皇后梓宫葬入长陵，徐皇后也就此成为了明朝十三陵中安葬的第一人。永乐二十二年，朱棣在第五次亲征漠北的归途中驾崩于于木川，之后也埋入了长陵，与徐皇后合葬在一起。
由于朱棣之后的明朝皇帝都将陵墓建在了天寿山，所以很多人都误认为长陵就是十三陵的祖陵。但这种观点其实是错误的，因为从昭穆制度来看的话，明朝十三陵还是遥尊远在南京的明孝陵为祖陵的，昭穆制度是周礼中的规定，所谓天子七庙，诸侯五庙，大夫三庙是一庙，而庶人无庙，昭穆制度说白了就是古人在祭祖时摆放牌位的次序，昭穆制度的规矩是这样的，始祖在中间，左边为昭，右边为穆，左边的昭就是儿子，右边的穆就是孙子，再往后就依照祖孙同位，父子相传，左右左右，朝朝暮暮，这样一直排下去。
朱元璋的孝陵在建立之初就是作为祖陵的存在。不过洪武二十五年，太子朱标先于朱元璋去世了。作为自己培养了二十多年的最理想的接班人，朱元璋在极度悲伤之下，于孝陵的东边，也就是昭的位置上建造陵墓，安葬了太子朱标。
朱棣葬入长陵以后，明仁宗朱高炽就面临了一个很现实的问题，到底是尊长陵为祖陵呢？还是尊孝陵为祖陵？从最终的结果来看，朱高炽把自己的献陵放在了长陵的右边，也就是穆的位置，这样一来，就等于遥尊孝陵为祖陵，把长陵放在了孝陵昭的位置上。十年以后，宣宗朱瞻基的景陵又建在了长陵的东边，也就是昭的位置。后来英宗的裕陵建在了献陵的西边，至此，十三陵和孝陵之间形成的以孝陵为祖陵的招募体系就一目了然了。